Né en Californie du Sud, de parents britanniques, John Hopkins se considère autant anglais qu'américain. C'est la raison pour laquelle l'Union Jack figure en bonne place sur son casque et son carénage.
John est initié à la moto par son père, passionné des deux-roues et plusieurs fois engagé dans le TT de l'Ile de Man. Ainsi, alors qu'il se tient à peine debout, le petit Hopkins part en balade fièrement juché sur le réservoir de la machine de son père.
Il fait ses premiers pas au guidon de motocross et dispute sa première course à l'âge de cinq ans. A douze ans, John est un compétiteur régulier en MX et a déjà goûté à la course sur route. Le décès de son père l'éloigne un temps des circuits mais son attrait pour le sport reste le plus fort et il revient sur la piste.
Des soucis mécaniques en cascade l'amènent à retrouver ses premières amours, le MX, avant que John Ulrich, propriétaire de l'équipe Valvoline EMGO Suzuki ne l'invite à tester une GSX-R600. Ulrich, le 'découvreur' de Kevin Schwantz, décèle bien vite le talent d'Hopkins et lui offre un contrat pour la saison 1999.
Le parcours du jeune anglo-américain connaît alors un coup d'accélérateur. Il remporte la coupe Aprilia RS250 et engrange de l'expérience au guidon de quatre-temps 600cc, 750cc et 1000cc. John apprend vite et décroche, en 2001, le titre AMA Formula Xtreme, au guidon d'une Suzuki GSX-R1000.
Son manager lui trouve une place en MotoGP, en 2002, au sein de l'équipe Red Bull Yamaha de Peter Clifford. Hopkins se trouve plongé dans un nouvel environnement et, avec sa modeste 500cc doit rivaliser avec les puissantes quatre-temps. Il rentre régulièrement dans les points et se fait remarquer par son incroyable détermination.
La baisse de l'implication de Red Bull dans la catégorie reine, l'année suivante, oblige l'Américain à trouver une nouvelle équipe. Ce sera le team officiel Suzuki, aux côtés de Kenny Roberts Jr. John apporte sa contribution au développement de la jeune GSV-R et offre à l'équipe son meilleur résultat de la saison avec une septième place à Jerez.
Il poursuit sa collaboration avec Suzuki en 2004. La machine est en progrès constants et permet à ses pilotes de se mettre ponctuellement en valeur. Hopkins inscrit régulièrement des points et termine le championnat au seizième rang, après avoir manqué le GP d'Italie sur blessure.
La saison 2005 est dans la même lignée. John se hisse parfois aux avant-postes mais manque de constance, de même que son matériel. Il engrange les points et conclut le championnat au quatorzième rang.