L'aventure sur deux-roues de Shinya Nakano commence très tôt, au guidon de petites pocketbikes. Le Japonais signe son premier succès à l'âge de huit ans, en remportant son championnat régional de pocketbike.
Il ne s'attaque aux GP que plusieurs années plus tard, en 1994. Il commence sur la scène régionale, en 125 et 250cc. Il s'impose, cette même année, aux quatre heures de Suzuka.
Il se lance dans le championnat japonais en 1995, en 125cc. Il conclut cette première campagne au douzième rang mais améliore significativement l'année suivante et termine sixième de la série. Ses progrès rapides l'amènent en 250cc, en 1997. Le rookie se montre brillant et se classe cinquième d'un championnat qu'il s'adjuge l'année suivante.
Nakano est alors prêt pour le championnat du monde 250cc. Il intègre, en 1999, l'équipe française Yamaha Tech3, avec laquelle il va se faire un nom dans le monde des GP. Quatrième à la fin de la saison, le petit japonais décroche ses premiers podiums et victoire, pour s'offrir le titre de rookie de l'année.
La consécration lui file entre les doigts, en 2000, sur la ligne d'arrivée de la toute dernière manche de la saison. Shinya, au premier plan tout au long de l'année, doit s'incliner pour quelques centimètres devant son équipier Olivier Jacque et se contenter de la place de dauphin.
Les deux pilotes et l'ensemble de l'équipe Tech3 montent dans la catégorie supérieure en 2001. Egal à lui-même, Nakano s'illustre et s'adjuge un nouveau titre de rookie de l'année, après avoir obtenu son premier podium 500cc en Allemagne.
2002 marque l'arrivée des quatre-temps et une année difficile pour Shinya. Le Japonais dispose encore d'une YZR500, bien faible face aux puissantes Honda RC211V. Il reçoit, pour les dernières courses, une YZR-M1 mais manque de temps pour se familiariser avec sa nouvelle monture et ne peut venir se mêler aux meilleurs.
Yamaha ne désirant pas le retenir, Nakano trouve refuge au sein de l'équipe espagnole D'Antin, où il dispose d'une M1 privée. Le pilote se montre régulier mais ne peut obtenir, comme meilleur résultat, que des cinquième places en Italie et en Espagne. Dixième du championnat, il accepte l'offre que lui fait Kawasaki et rejoint les 'Verts' en 2004.
Le Japonais relève ce nouveau défi avec entrain et ne ménage pas ses efforts pour développer la jeune Ninja ZX-RR. Tout ce travail paie et Shinya offre aux troupes d'Harald Eckl leur tout premier podium MotoGP, au Japon, pour terminer la saison à une bonne dixième place.
Nakano reste fidèle à Kawasaki, en 2005, avec l'objectif de faire progresser encore la Ninja. L'année est un peu plus décevante, les premières places sont chères et Shinya ne peut accrocher le podium. Il inscrit régulièrement des points et réalise son objectif de terminer le championnat dans le top dix.
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