Toni Elias est issu d'une famille d'authentiques amoureux de la moto. Son père et son oncle, initiés par leur propre père, ont été pendant de nombreuses années les rois du motocross espagnol.
A Manresa, la famille Elias dirige une concession Yamaha, qui devient rapidement le terrain de jeu du jeune Toni. Il reçoit sa première pocket bike à sept ans et se frotte au motocross, pour se rendre bien vite compte que ce qu'il aime, lui, c'est l'asphalte.
Elias, neuf ans, fait alors ses premiers pas dans le monde des courses, en minimotos. Il est troisième du championnat de Catalogne minimotos en 1993, deuxième en 1994. Les machines commencent à être trop petites pour Toni qui décide de tenter sa chance en scooter.
Il brille dans la discipline les trois saisons suivantes et se fixe de nouveaux objectifs : il s'engage en 1998 en championnat d'Espagne 125cc, au guidon d'une Yamaha. Malgré son manque d'expérience avec de 'grandes' motos, il parvient à inscrire ses premiers points et prend la 23ème place finale.
Le jeune espagnol progresse vite et, en 1999, il est troisième du championnat. Cette année-là, il effectue ses premiers pas sur la scène mondiale, grâce à des wildcard aux GP d'Espagne et de Valencia. Quatorzième sur le circuit Ricardo Tormo, il marque ses premiers points.
L'an 2000 salue sa première saison complète dans le championnat du monde 125cc. La saison est difficile mais permet à Toni d'engranger de l'expérience et de se faire remarquer par Alberto Puig. L'ancien pilote lui offre un guidon dans l'équipe Movistar Junior et les résultats ne se font pas attendre.
Il monte sur son premier podium au GP de France et récidive, peu de temps après, à Catalunya, devant son public. La première victoire ne pouvait que suivre et arrive aux Pays-Bas. Ses bons résultats permettent à Elias de se placer dans la lutte pour le titre mais la supériorité mécanique de ses adversaires et une chute au GP du Japon finissent par l'écarter du jeu. Il termine le championnat au troisième rang, un résultat considéré par beaucoup comme un triomphe pour un jeune pilote parvenu à se faire un nom en seulement trois ans.
Il monte dans la catégorie supérieure en 2002, au sein de l'équipe Telefonica Movistar de Jorge Martinez Aspar. Son objectif est clair : découvrir la 250cc, sa nouvelle Aprilia et engranger de l'expérience. Toni remplit largement son contrat en l'emportant à Motegi, au terme d'un duel épique avec Marco Melandri, et en montant à plusieurs reprises sur le podium. Il est 4ème à la fin de la saison.
Elias n'a pas déçu ses fans, en 2003, en signant cinq victoires et deux podiums. Mais une Aprilia délicate à régler et un manque de régularité conditionnent le dénouement du championnat et il doit se contenter de la troisième place, derrière Manuel Poggiali et Roberto Rolfo.
Passé chez Honda l'année suivante, Toni connaît quelques problèmes d'adaptation et de mise au point de sa nouvelle machine. Il parvient néanmoins à monter sept fois sur le podium et à s'adjuger le GP du Portugal, pour terminer la saison au quatrième rang..
En 2005, une nouvelle aventure attend Elias. Le jeune Espagnol rejoint l'équipe Fortuna Yamaha Tech3, en MotoGP. Ses premiers pas en catégorie reine sont flatteurs. Toni s'adapte rapidement à sa monture et signe des résultats prometteurs. Une blessure, au lendemain du GP de France, met un coup d'arrêt à sa progression et lui fait manquer trois GP. Sitôt revenu au guidon, il reprend sa marche en avant et offre une très belle sixième place à son équipe en Turquie. Le potentiel d'Elias n'est pas passé inaperçu et Fausto Gresini le recrute pour la saison 2006, au cours de laquelle il sera associé au non moins talentueux Marco Melandri.